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生物顯微鏡一般會工作在條件相對惡劣的環境下。顯微鏡的防塵主要在連接目鏡、物鏡以及攝像機接口處進行防塵，主要的方法是非工作時間加蓋防塵罩，這樣可以避免漂浮灰塵的污染。但如果有煙霧等漂浮物污染，則要在非工作時間將設備放置到無塵、干燥的房間保管。如果顯微鏡必須工作在潮濕的環境下，則要保證不要將水，特別是腐蝕性液體濺到顯微鏡上。另外，在非工作時間要將顯微鏡搬移到干燥、通風的環境保管。關于鏡下工作污染問題，可以在物鏡下方安裝一個防塵物鏡框，每天進行清洗。如果顯微鏡用于目視焊接，那物鏡處會集聚很多油污，這里應該每天用酒精清洗，或者選擇工作距離較長的物鏡來長距離工作，以減少污染。
顯微鏡很少是在無塵的環境中使用，為了防止塵土的污染，每次用完顯微鏡后，須用防塵罩將顯微鏡及其附件遮蓋。用防塵罩遮蓋顯微鏡前，先讓顯微鏡和燈冷卻，以防止出現水汽，因為防塵罩是不耐熱的。
保持顯微鏡使用場地干燥，盡管每臺徠卡顯微鏡均采用了特殊的防霉處理工藝，但當顯微鏡長期工作在濕度較大的環境中，還是會增加霉變的幾率。
對生物顯微鏡進行維修的過程中，相關檔案的建立也是不可或缺的重要內容之一。一般而言，在每次實驗課結束之后，教師和技術人員都應當對生物顯微鏡進行細致入微的檢查和維護。同時，教師應當定期進行小維護和大維護，并在記錄本上記錄維護過程中出現的各種問題，這樣就可以保證實驗人員能夠更好地對每一臺生物顯微鏡做到全面了解。這也是在開展有關生物顯微鏡管理工作過程中需要注意的問題。
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